Diketahui, Sys pernah menjadi anggota Badan Pekerja MPR RI periode 1999-2000 dan anggota MPR-RI utusan Golongan periode 1999-2004. Pada tahun 2001, Sys menjadi salah satu pendiri Partai Demokrat.
Pada tahun 2005, Sys mendeklarasikan diri sebagai kandidat ketua umum Partai Demokrat. Bahkan sebagai langkah awal kampanye, Sys meluncurkan sebuah buku biografi berjudul Sys NS: Yesterday, Today and Tomorrow pada tanggal 15 Mei 2005.
Namun, pada kongres di Bali Mei 2005, Sys kalah bersaing dengan adik ipar SBY, Hadi Utomo. Di pengujung tahun 2005, Sys menyatakan mundur dari Partai Demokrat karena merasa sudah tidak lagi dibutuhkan dan sejalan dengan misi visi.
Setelah meninggalkan Partai Demokrat, Sys NS mendirikan Partai Negara Kesatuan Republik Indonesia (NKRI) yang akhirnya namanya diubah menjadi Partai Nusantara Kedaulatan Rakyat Indonesia (PNKRI). Partai tersebut telah terdaftar di Departemen Hukum dan HAM tertanggal 18 Oktober 2006 setelah sebelumnya didirikan pada 18 Juli 2006. Namun partai tersebut tidak lulus verifikasi faktual untuk ikut dalam Pemilu 2009.