Kondisi Fauna di Indonesia dibagi menjadi tiga bagian, oleh Alfred Weber dan Wallace, yakni Fauna Asiatis, Fauna Peralihan dan Fauna Australis. Ketiganya, dipisahkan oleh garis Weber dan Wallace. Adapun persebaran fauna di Indonesia beserta daerahnya adalah sebagai berikut
Fauna ini memiliki kesamaan dengan hewan yang berada di benua Asia berdasarkan hasil menganalisis sebaran flora dan fauna di Indonesia. Adapun, tipenya adalah harimau, kera, gajah, orangutan dan banyak berada di Sumatera, Kalimantan serta Jawa.
Fauna peralihan memiliki kesamaan dengan fauna Asia maupun Australia. Fauna ini umumnya berada di sulawesi, kepulauan Maluku dan Nusa Tenggara dengan jenis hewan, seperti komodo, babi rusa, burung kakaktua, hingga burung maleo.
Berdasarkan peta sebaran flora dan fauna di Indonesia, fauna Australis memiliki kesamaan dengan yang ada di benua Australia. Jenis hewannya pun, seperti burung Cendrawasih, Nuri Raja, Kanguru hingga Kuskus dan berada di wilayah bagian Timur Indonesia, Maluku dan Irian.