Sementara itu, Komando Operasi Udara Nasional, sebagaimana diatur dalam Pasal 58 ayat (1), bertugas menyelenggarakan operasi pertahanan matra udara sesuai dengan kebijakan Panglima dan penegakan hukum serta menjaga keamanan di ruang udara nasional sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan.
Dari matra laut, nomenklatur Pangkalan Utama TNI Angkatan Laut (Lantamal) yang dipimpin oleh Komandan Lantamal dengan pangkat bintang satu saat ini berganti menjadi Komando Daerah TNI Angkatan Laut (Kodaeral), dipimpin oleh Komandan Komando Daerah TNI Angkatan Laut yang diisi oleh perwira tinggi TNI AL bintang dua.
Ketentuan mengenai Komando Daerah TNI AL diatur di antaranya dalam Pasal 57 ayat (3) dan ayat (4) Perpres No. 84 Tahun 2025.
Kemudian, di lingkungan Mabes TNI dan jabatan pendukung kerja Panglima TNI, Presiden Prabowo juga meningkatkan pangkat beberapa jabatan, di antaranya Asisten Kebijakan Strategis dan Perencanaan Umum Panglima dan Asisten Operasi Panglima, yang semula diisi oleh perwira tinggi bintang dua, menjadi perwira tinggi bintang tiga.