PT Kereta Commuter Indonesia (KCI) juga melakukan penyesuaian operasional seiring dioperasikannya gedung baru tersebut. Area stasiun kini diperluas dengan penataan ulang jalur keluar-masuk penumpang serta pengaturan peron kereta. Switch over tahap kedua difokuskan pada optimalisasi penggunaan gedung baru, termasuk peron dua yang telah selesai dibangun.
KCI memberikan pilihan kepada penumpang untuk memilih jalur masuk. Saat ini penumpang bisa memilih menggunakan jalur lama atau jalur baru. Evaluasi akan dilakukan untuk menentukan sistem terbaik yang paling efisien dan nyaman bagi pengguna.
Desain baru stasiun juga memisahkan jalur naik dan turun penumpang. Di lantai bawah, area difungsikan khusus untuk penumpang yang keluar, sedangkan penumpang yang akan naik kereta diarahkan ke lantai atas. Pengaturan ini bertujuan memperlancar arus pergerakan dan mengurangi kepadatan di dalam stasiun.
Dengan pembaruan infrastruktur dan sistem operasional ini, Stasiun Tanah Abang ditargetkan mampu melayani hingga 300.000 pengguna per hari. Kehadiran gedung baru ini diharapkan dapat meningkatkan kenyamanan, efisiensi, serta keselamatan perjalanan bagi masyarakat pengguna jasa kereta komuter di ibu kota.