Pada tahun 2001, ia kembali menjadi delegasi Indonesia dalam forum 4th ASEAN University jaringan forum dengan membawakan makalah bertajuk Pembentukan Komunitas Keamanan ASEAN.
Sementara itu di tahun 2006, Andi menjadi anggota tim peneliti sebuah proyek besutan Badan Pembinaan Hukum Nasional, Departemen Hukum dan Perundang-Undangan. Proyek Sistem Pertahanan Nasional diteliti Andi untuk mengkaji sistem pertahanan nasional Tanah Air.
Pada tahun 2007, ia menulis sebuah buku bertajuk Transnasionalisasi Masyarakat Sipil yang digarap bersama dengan FISIP UI. Andi juga turut terlibat dalam penelitian Reformasi Militer 2009 – 2014, hasil kerja sama Pacivis (Pusat Kajian Global Civil Society) UI dan Friedrich Ebert Stiftung.
Andi menjabat sebagai Koordinator LAB 45, sebuah lembaga kajian di Indonesia. Andi memiliki konsentrasi kajian di bidang pertahanan, keamanan siber dan hubungan internasional.
Di ranah pemerintahan, Andi ditunjuk menjadi Sekretaris Kabinet pada 2014 hingga 2015 di masa pemerintahan Jokowi dan Jusuf Kalla. Setahun setelahnya, ia didapuk menjadi Penasihat Senior Kepala Staf Kepresidenan. Pada Pilpres 2019, Andi merupakan tim pemenangan Jokowi dan memimpin tim Cakra-19. Tim ini berisi para purnawirawan TNI.