Ismail Thomas mengenyam pendidikan di SD Katholik WR Soepratman pada tahun 1961-1967 dan SMP Katholik WR Soepratman pada tahun 1967-1970. Dia melanjutkan pendidikan ke SMA Katholik WR Soepratman tahun 1970-1973.
Di akhir 1973, Ismail Thomas hampir dikeluarkan dari asrama karena tidak mampu membayar uang asrama. Namun, setelah berusaha membujuk pengurus asrama dan mengatakan dia bersedia keluar setekah satu tahun untuk mencari biaya dan bisa diterima kembali meneruskan pendidikan, pengurus asrama pun luluh. Ismail Thomas akhirnya bisa menyelesaikan pendidikan SMA.
Setelah lulus SMA, Ismail Thomas melanjutkan ke D3 jurusan Hukum di Universitas Tujuh Belas Agustus (UNTAG) Samarinda. Selanjutnya dia kuliah S1 Ilmu Hukum di Sekolah Tinggi Hukum Indonesia (STIH) Jakarta tahun 2000-2003 dan melanjutkan ke jenjang S2 Ilmu Administrasi Negara di Universitas Mulawarman, Kaltim pada tahun 2007-2009.