Orang tuanya selalu mendisiplinkan dirinya. Bahkan, guyuran air sering menimpanya untuk bangun salat Subuh. Tak jarang, selendang haji juga melecutnya saat ia salah membaca Alquran.
Pendidikan Islam pertama Haedar Nashir berasal dari ayahnya. Selain itu, ia juga menempuh pendidikan di Pondok Pesantren Cintawan, Tasikmalaya, Jawa Barat.
Didikan kepemimpinan sang ayah itu lah yang membuat Haedar Nashir akrab dengan dunia santri. Setelah lulus SMA, ia pun merantau ke Yogyakarta.
Di sana, ia menempuh pendidikan Ilmu Sosiatri di STPMD Yogyakarta di tahun 1990. Kemudian, melanjutkan S2 di Universitas Gadjah Mada (UGM) jurusan Sosiologi dan melanjutkan S3-nya di jurusan dan kampus yang sama.