Selanjutnya, Gatot mengemban tugas di sejumlah posisi, termasuk Kapuskodal Ops Polresta Samarinda pada 1999, Pama PTIK pada 2000, serta Wadan Yon B Sat Brimobda Kalimantan Timur. Dia juga menjabat berbagai posisi di lingkungan Polda Sumatra Utara (Sumut) seperti Kasubbagrendalops dan Kasi Pamobvit Bid Pamobsus Ditsamapta Polda Sumut serta Wakapolres Langkat pada 2005.
Kemampuannya dalam peran kepemimpinan semakin diakui dengan menjabat sebagai Kasat Ops III/Tipidkor Ditreskrim Polda Sulut (2007), Kapolres Bolaang Mangondow Polda Sulut (2009), hingga Kasubbagwattah Bagtahti Robinopsnal Baharkam Polri pada 2011. Gatot lalu ditunjuk sebagai Kabagjiansis Rojianstra SSDM Polri dan Kabaggassus Robinkar SSDM Polri pada 2013.
Seiring berjalannya waktu, dia mendapatkan berbagai penugasan penting di tingkat yang lebih tinggi. Dia menjabat sebagai Karo SDM di Polda Sumatra Barat pada 2013, Karo SDM di Polda Kalimantan Timur pada 2015, hingga Kabagsumda Rorenmin Baharkam Polri pada 2016.
Pada 2017, Gatot dipercaya menjadi Analis Kebijakan Madya Baharkam Polri dan Kabagrenmin Korbinmas Baharkam Polri.
Pada 2019, profil Irjen Gatot Tri Suryanta mencapai puncak ketika ditugaskan sebagai Pati Itwasum Polri dan diberi tugas di Badan Pemeriksa Keuangan (BPK) sebagai Direktur Legislasi, Pengembangan dan Bantuan Hukum sebelum ditunjuk sebagai Irwil V Itwasum Polri.