Perjalanan karier Kasdi Subagyono yang cemerlang juga ditempa oleh kontroversi. Pada tanggal 11 Oktober 2023, Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK) menetapkan Kasdi Subagyono sebagai tersangka dalam kasus dugaan korupsi pemerasan dalam jabatan dan gratifikasi di lingkungan Kementerian Pertanian.
Selain Kasdi, KPK juga menetapkan tersangka terhadap Menteri Pertanian Syahrul Yasin Limpo serta Direktur Alat dan Mesin Pertanian kementan, Muhammad Hatta. Mereka diduga bekerja sama mendapatkan simpanan dari unit tingkat I dan tingkat II di Kementerian Pertanian. Simpanan tersebut berasal dari anggaran yang di-mark up dan permintaan uang dari vendor pemenang proyek di Kementerian Pertanian.
KPK menilai Syahrul Yasin Limpo merupakan orang utama yang mendapat uang jaminan sebesar 4.000 dolar AS hingga 10.000 dolar AS sebulan. Uang tersebut disebut-sebut digunakan Syahrul untuk keperluan pribadi dan keluarga, seperti melunasi utang kartu kredit dan membeli mobil Alphard.
KPK juga menduga Kasdi Subagyono sebagai penerima setoran tunai dari ajudan Syahrul Yasin Limpo, MT sekitar Rp172,2 juta dalam tiga kali transaksi pada tahun 2020. Selain itu, Kasdi juga diduga menerima setoran tunai dari Muhammad Hatta sekitar Rp1,5 miliar dalam empat kali transaksi pada tahun 2020-2021.
Antara tahun 2020 dan 2023, Syahrul, Kasdi, dan Hatta disebut mendapat total Rp 13,9 miliar. Penyidik KPK masih mendalami kasus tersebut. Mulai 11 Oktober 2023, Kasdi Subagyono ditahan KPK di Rumah Tahanan (Rutan) Gedung Merah Putih KPK selama lima hari. Sementara Syahrul Yasin Limpo dan Muhammad Hatta belum ditahan karena meminta waktu lebih lama untuk diperiksa sebagai tersangka.
Demikian lah profil kasdi Subagyono yang baru baru ini ramai diperbincangkan masyarakat karena terseret kasus korupsi.