Bukan hanya itu, dalam upaya membuka cakrawala berpikir dan memahami Alquran, umumnya metode yang diterapkan di pesantren-pesantren berkembang dengan pendekatan dogmatis. Akibatnya, pemahaman Alquran sebagai way of life seringkali menjadi terbatas dipahaminya, yaitu hanya menyentuh aspek ubudiyah.
Kiai Noer Muhammad Iskandar menikah dengan Hj Siti Nur Jazilah, putri KH Mashudi asal Tumpang, Malang, Jawa Timur. Hj Nur Jazilah pernah memimpin pondok pesantren putri Cukir, Tebuireng, Jombang, Jawa Timur. Bersama dengan beberapa teman, KH Noer Muhammad Iskandar mendirikan Yayasan Al-Muchlisin di Pluit sebelumnya menempati sebidang tanah di bilangan Kedoya, Kebon Jeruk, Jakarta Barat.
Beliau mulai merintis lembaga pendidikan pesantren seadanya. Namanya Asshiddiqiyah. Pesantren ini dirintis dengan keprihatinan, namun dalam keprihatinan ini ia punya keyakinan yang cukup kuat, bahwa kelak lembaga pendidikan ini akan bisa maju dan berkembang. Bahkan kini, di Kedoya, dari lahan wakaf yang seluas 2.000 meter, telah berkembang menjadi 2,4 hektare. Sementara yang di Batu Ceper sudah berkembang menjadi 6 hektare, di Cilamaya menjadi 11 hektare, dan di Cijeruk menjadi 42 hektare.
Kiai Noer Muhammad Iskandar ini juga terlibat dalam bimbingan haji bagi kalangan elite dan menengah. Orang-orang yang dibimbing tidak jarang adalah seorang artis atau tokoh publik lainnya.