Selang tiga bulan, ia mendapat beasiswa dari Menteri Riset dan Teknologi BJ Habibie kala itu untuk bersekolah di Universitas Kumamoto, Jepang dan mendapat gelar S1 pada tahun 1993.
Tak menyia-nyiakan waktu, Tri Handoko melanjutkan program masternya di Hiroshima University dan lulus hanya dua tahun kemudian. Masih di Universitas yang sama, pada tahun 1998 dia memperoleh gelar doktor di bidang teori fisika partikel atau fisika energi tinggi.
Dalam profil Tri Handoko, ia juga berkiprah di Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI), khususnya di Pusat Penelitian Fisika. Tak cuma itu, ia pernah menjadi asisten jurusan Fisika di Hiroshima Universitu, dosen Luar Biasa Jurusan Fisika di IPB, dan saat ini masih mengajar sebagai dosen BHMN non-PNS di UI.