Tak menyia-nyiakan waktu, Tri Handoko melanjutkan program masternya di Hiroshima University dan lulus hanya dua tahun kemudian. Masih di Universitas yang sama, pada tahun 1998 dia memperoleh gelar doktor di bidang teori fisika partikel atau fisika energi tinggi.
Karier Tri Handoko
Dalam profil Tri Handoko, ia juga berkiprah di Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI), khususnya di Pusat Penelitian Fisika. Tak cuma itu, ia pernah menjadi asisten jurusan Fisika di Hiroshima Universitu, dosen Luar Biasa Jurusan Fisika di IPB, dan saat ini masih mengajar sebagai dosen BHMN non-PNS di UI.
Penghargaan Ilmiah Tri Handoko
- ICTP Simons Regular Associate (2014-2019)
- PII Adhi Dharma Profesi Award (2010)
- Penemuan Baru yang Bermanfaat bagi Negara (2010)
- Anugerah Kekayaan Intelektual Luar Biasa bidang Ilmu Pengetahuan (2009)
- 101 Inovasi Paling Prospektif (2009)
- Satyalancana Wira Karya untuk Sains (2009)
- Achmad Bakrie Award for Science (2008)
- The Recognition Award of the e-Government and Services, Asia Pacific ICT Award (2006)
- Habibie Award for Basic Science (2004)
- The Winner of the Best Research and Development, Asia Pacific ICT Award (2004)
- The Winner of the Best Education dan Training, Asia Pacific ICT Award (2003)
- Peneliti Muda Indonesia X bidang Ilmu Pengetahuan Alam dan Lingkungan (2002)
- Humboldt Fellow
- Monbukagakusho Scholar
- STAID II Scholar
- Overseas Fellowship Programme (OFP) IV Scholar
Penghargaan Administratif
- Satyalancana Karya Satya 20 tahun
- Satyalancana Karya Satya 10 tahun
Demikian profil Tri Handoko yang berjasa banyak dalam bidang akademik.