Dia adalah anak kelima dari enam bersaudara. Selain Gus Dur, saudaranya yang juga dikenal sebagai tokoh di Indonesia adalah Salahuddin Wahid atau Gus Solah. Gus Dur wafat pada 30 Desember 2009 sedangkan Gus Solah wafat pada 2 Februari 2020.
Dikutip iNews.id dari situs resmi Tebuireng, usi Lily Wahid baru lima tahun ketika sang ayah wafat meninggalkannya. Setelah itu, dia bersama empat kakaknya diasuh sang ibu yang sedang mengandung. Ibu dan kakaknya berjasa besar dalam menanamkan ajaran agama pada Lily Wahid.
Lily Wahid mempunyai kegemaran membaca dan seni. Selain buku-buku pelajaran, dia gemar membaca komik-komik silat. Di bidang seni, dia juga menyukai lagu dan musik.
Pendidikan Lily Chodijah Wahid sama seperti sekolah kakak-kakaknya, yaitu di SD Perwari. Hobi membaca turut memengaruhi nilai-nilainya yang bagus di bangku sekolah.
Masa-masa sekolah tidak hanya digunakan untuk belajar, tetapi juga beroraganisasi karena sifatnya yang senang bergaul dan berkumpul-kumpul. Keaktifannya tersebut tentu tak lepas dari pengaruh sosok ibu yang juga aktif.