Selanjutnya, dia dipercaya sebagai Ditjenstrahan Kemhan pada (2008—2011) dan BAIS TNI (2011—2012). Dia kemudian ditugaskan sebagai Atase Pertahanan RI untuk Swedia, Denmark pada 2012 hingga 2015 sebelum kembali bertugas di BAIS TNI pada 2015—2016.
Menjalani tugas belajar Lemhannas di Amerika Serikat pada 2016—2017, Jonni kemudian menjabat Sesprodi Diplomasi Pertahanan Unhan (2018—2019). Selanjutnya dia dipercaya sebagai Wakil Dekan Fakultas Manajemen Pertahanan Unhan (2019—2020).
Kemudian dia terus dipercaya bertugas di Unhan sebagai Wakil Rektor I Bidang Akademik dan Kemahasiswaan Unhan (2020—2023) serta Wakil Rektor Bidang Akademik dan Perencanaan Unhan (2023). Dia pun naik jabatan dan dipercaya sebagai Rektor Unhan RI sejak 4 Agustus 2023.