Namun, tidak lama kemudian, berdasarkan Surat Keputusan Panglima TNI Nomor Kep/1545/XII/2024 tanggal 6 Desember 2024, dia ditunjuk memimpin Badan Siber dan Sandi Negara (BSSN) menggantikan Letjen (Purn) Hinsa Siburian.
Nugroho dilantik berdasarkan Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 25B Tahun 2025 tentang Pengangkatan Badan Siber dan Sandi Negara (BSSN).
Prabowo mengambil sumpah jabatan Nugroho, yang kemudian dilanjutkan dengan penandatanganan berita acara pengambilan sumpah.
“Bahwa saya dalam menjalankan tugas jabatan akan menjunjung tinggi etika jabatan, bekerja dengan sebaik-baiknya, dan dengan penuh rasa tanggung jawab. Bahwa saya akan menjaga integritas, tidak menyalahgunakan kewenangan, serta menghindarkan diri dari perbuatan tercela,” bunyi petikan sumpah.