Dari Lampung, Setyo dimutasi menjadi Kasat Tipikor Polda Papua, kemudian Kapolres Teluk Wandawa dan Kapolres Biak Numfor pada 2009. Kemudian, dia diangkat menjadi Wadirreskrim Polda Papua hingga Direktur Reserse Kriminal Khusus Polda Papua.
Usai bertugas di Papua, dia ditarik ke Mabes Polri menjadi Penyidik Utama Biro Wassidik Bareskrim Polri, kemudian dimutasi menjadi Penyidik Eksekutif Otoritas Jasa Keuangan (OJK).
Dia kemudian diangkat menjadi Analis Kebijakan Utama Bidang Tindak Pidana Ekonomi Dan Tindak Pidana Umum Bareskrim Polri. Lalu, dia dipercaya menjadi Koordinator Supervisi Kedeputian Penindakan Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK) hingga Direktur Penyidikan KPK.
Dari KPK, dia kembali ke institusi Polri dengan menjabat sebagai Kapolda Nusa Tenggara Timur (NTT) pada 2021. Setahun kemudian, lulusan Sekolah Staf dan Pimpinan Tinggi (Sespimti) Polri 2017 ini diangkat menjadi Kapolda Sulawesi Utara (Sulut) pada 2022 sebelum akhirnya ditarik kembali ke Mabes Polri sebagai Pati Itwasum Polri pada 2024.
Kemudian dia dipercaya menjadi Irjen Kementerian Pertanian sejak 22 Maret 2024 hingga sekarang. Adapun penugasan di luar institusi Polri ini bertujuan untuk mengembalikan kepercayaan publik dan nama baik Kementan.