Gus Yaqu dilantik menjadi Anggota DPR Periode 2014-2019 sebagai Pergantian Antar Waktu (PAW) menggantikan Hanif Dhakiri yang dilantik menjadi Menteri Tenaga Kerja di Kabinet Kerja Presiden Jokowi.
Pada Pemilu 2019, Gus Yaqut kembali lolos ke Senayan dan diberikan amanah sebagai Wakil Ketua Komisi II.
Gus Yaqut kemudian ditunjuk Presiden Joko Widodo sebagai Menteri Agama menggantikan Fachrul Razi. Namun, di akhir masa tugasnya, Gus Yaqut tersangkut kasus dugaan kuota haji.
Perkara itu berawal saat Indonesia mendapatkan kuota haji tambahan sebanyak 20.000 jemaah.
Sesuai aturan, pembagian kuota itu seharusnya mengikuti proporsi 92 persen untuk jemaah haji reguler dan 8 persen untuk jemaah haji khusus. Namun, KPK menemukan penyimpangan.
Pembagian kuota justru dilakukan tidak sesuai aturan, yakni 50 persen untuk haji reguler dan 50 persen untuk haji khusus. Artinya, 20.000 kuota dibagi menjadi 10.000 bagi haji reguler dan 10.000 untuk haji khusus.
KPK menduga adanya perbuatan melawan hukum dalam proses tersebut. Selain itu, lembaga antirasuah juga tengah mendalami potensi aliran dana yang berkaitan dengan penambahan kuota haji khusus.