Sebelumnya, Kemendikbud telah merespons berbagai protes itu. Direktur Jenderal (Dirjen) Kebudayaan Kemdikbud Hilmar Farid mengatakan, Kemendikbud selalu berefleksi pada sejarah bangsa dan tokoh-tokoh yang ikut membangun Indonesia, termasuk KH Hasyim Asy’ari dalam mengambil kebijakan di bidang pendidikan dan kebudayaan.
Mengenai Kamus Sejarah Indonesia Jilid I , buku itu disebutnya tidak pernah diterbitkan secara resmi. Dokumen tidak resmi yang sengaja diedarkan di masyarakat oleh kalangan tertentu merupakan salinan lunak (softcopy) naskah yang masih perlu penyempurnaan. "Naskah tersebut tidak pernah kami cetak dan edarkan kepada masyarakat,” katanya.