Kursi yang kemudian diduduki Munir adalah kursi yang sebenarnya untuk Pollycarpus, tetapi ia menawarkan penggantian tempat duduk dengan Munir. Hal inilah yang menjadi salah satu alasan penangkapannya.
Pada 1 Desember 2005, jaksa penuntut umum di Pengadilan Negeri Jakarta Pusat menuntutnya hukuman penjara seumur hidup karena terbukti terlibat dan merencanakan pembunuhan Munir, tetapi ternyata ia divonis hukuman penjara selama 14 tahun oleh majelis hakim.
Setelah mendapatkan sejumlah pemotongan hukuman, Polly dinyatakan bebas murni pada Agustus 2018. Namun sebelumnya ia mendapatkan bebas bersyarat pada November 2014. Di berbagai kesempatan Pollycarpus masih yakin bahwa dirinya tidak bersalah atas kasus pembunuhan Munir.