Sebelumnya, KMP Tunu Pratama Jaya sekitar pukul 00.15 WITA pada Kamis (3/7/2025) muncul kode merah dari tim operator Pelabuhan Gilimanuk dan salah satu nahkoda kapal lain, terhadap. KMP Tunu Pratama Jaya meminta tolong dan mengalami kebocoran mesin kapal.
Sekitar pukul 00.19 WITA KMP Tunu Pratama Jaya dilaporkan mengalami black out alias insiden di tengah laut. Total ada sebanyak 53 penumpang dalam manifes, dan 12 kru kapal yang bertugas. Kapal itu juga membawa 22 kendaraan berbagai macam jenis.
Proses pencarian dilakukan setiap hari sejak pukul 07.00 hingga 19.00 WIB. Tapi operasi pencarian itu juga memperhatikan cuaca yang dinamis di Selat Bali. Hingga Jumat malam (4/7/2025) sebanyak 36 orang ditemukan, dimana 30 orang dinyatakan selamat, 6 orang tewas, serta sisanya 29 orang masih dalam pencarian.
Proses pencarian pun dilakukan hingga hari ketiga melibatkan ratusan personel gabungan, baik dari laut, darat, dan udara. Penyisiran dari laut dilakukan mulai perairan Tanjungwangi, yang jadi perbatasan Kabupaten Banyuwangi dan Situbondo hingga ke selatan.
Selain itu, pencarian di Selat Bali, yang mengarah hingga ke pesisir selatan tepatnya di Pebuahan Banyu Biru, Kecamatan Negara, Kabupaten Jembrana, yang berjarak lebih dari 40 kilometer dari Pelabuhan Gilimanuk Bali.