Lambat laun, nama ”Muhammadiyah” pada mulanya diusulkan oleh kerabat dan sekaligus sahabat Kiai Dahlan yang bernama Muhammad Sangidu, seorang Ketib Anom Kraton Yogyakarta. Pada akhirnya, nama itu diputuskan Kiai Dahlan selepas melakukan salat istikharah.
"Pilihan untuk mendirikan Muhammadiyah memiliki dimensi spiritualitas yang tinggi sebagaimana tradisi kiai atau dunia pesantren," jelasnya.
Kata Muhammadiyah sendiri secara bahasa berarti pengikut Nabi Muhammad. Adapun penggunaan nama tersebut dimaksudkan untuk menghubungkan dengan ajaran dan jejak perjuangan Nabi Muhammad.
Kelahiran Muhammadiyah didorong atas pergumulannya dalam menghadapi kenyataan hidup umat Islam dan masyarakat Indonesia kala itu. Faktor-faktor yang menjadi pendorong lahirnya Muhammadiyah lantaran umat Islam tidak memegang teguh tuntunan Al-Quran dan Sunnah Nabi.
Sehingga menyebabkan merajalelanya syirik, bid’ah, dan khurafat, yang mengakibatkan umat Islam tidak merupakan golongan yang terhormat dalam masyarakat. Demikian pula agama Islam tidak memancarkan sinar kemurniannya lagi.