Pada tanggal 2 Oktober 1965, Pangkalan Udara Halim Perdanakusuma diserang oleh pasukan RPKAD yang dipimpin oleh Kolonel Sarwo Edhi Wibowo atas perintah Mayor Jenderal Soeharto. Pukul 12.00 siang, seluruh area tersebut berhasil direbut oleh TNI–AD.
Pasukan RPKAD yang dipimpin oleh Mayor C.I Santoso berhasil menguasai wilayah Lubang Buaya pada hari Minggu, tanggal 3 Oktober 1965.
Setelah upaya pencarian perwira TNI–AD dipercepat dan berdasarkan informasi dari Kopral Satu Polisi Sukirman, yang pernah menjadi tahanan G30S PKI tetapi berhasil melarikan diri, mereka mendapatkan informasi bahwa para perwira TNI AD yang diculik dibawa ke Lubang Buaya.
Lokasi para perwira yang diculik dan dibunuh akhirnya ditemukan oleh pasukan RPKAD setelah memeriksa wilayah Lubang Buaya secara intensif pada tanggal 3 Oktober 1965.
Mayat-mayat perwira tersebut ditempatkan dalam sumur dengan diameter sekitar ¾ meter dan kedalaman sekitar 12 meter, yang sekarang lebih dikenal dengan nama Sumur Lubang Buaya.