Bhinneka Tunggal Ika sendiri terdapat pada Kitab Sutasoma karya Mpu Tantular. Kakawin berbahasa Jawa Kuno itu ditulis olehnya pada masa kekuasaan Raja Majapahit, Hayam Wuruk tepatnya pada akhir abad ke-14.
Istilah Bhinneka Tunggal Ika ini bersumber dari bahasa Sansekerta. Bhinneka berasal dari gabungan kata suku kata Bhinna yang artinya berbeda-beda dan Ika yang artinya itu atau tunggal.
Menurut Sri Wintala Achmad pada bukunya yang berjudul Pesona dan Sisi Kelam Majapahit, kitab Sutasoma berisikan mengenai hal-hal religius yang berhubungan dengan Buddha Mahayana dan agama Siwa. Tak hanya itu, Kitab Sutasoma juga berisikan pentingnya sikap toleransi dalam perbedaan agama.
Frasa Bhinneka Tunggal Ika terdapat pada Kitab Sutasoma pada pupuh 139 bait 5. Berikut inilah isinya: Rwaneka dhatu winuwus Buddha Wiswa, Bhinnêki rakwa ring apan kena parwanosen, Mangka ng Jinatwa kalawan Siwatatwa tunggal, Bhinnêka tunggal ika tan hana dharma mangrwa.
Sejak saat itulah Bhinneka Tunggal Ika digunakan pertama kali di Sidang Kabinet Republik Indonesia Serikat yang digelar tepatnya pada 11 Februari 1950.