Dari catatan Polisi, sejumlah kasus yang didalangi Egianus Kogoya di antaranya:
1. Penembakan di Bandara Kenyam
Pada 25 Juni 2018, kelompok Egianus Kogoya menembaki pesawat Twin Otter Trigana Air yang saat itu disewa Brimob Polri. Pasukan Brimob ini sedang bertugas untuk mengamankan pilkada. Dua orang juga terluka akibat insiden tersebut.
2. Penyekapan guru dan tenaga medis
Pada Oktober 2018, kelompok Egianus Kogoya pernah menyekap belasan guru yang sedang bekerja di SD YPGRI 1, SMPN 1 dan tenaga medis yang bertugas di Puskesmas Mapenduma, Nduga.
3. Penembakan di jalan Trans Papua
Pada Desember 2017, pekerja Trans Papua di Kecamatan Mugi diserang kelompok Egianus Kogoya. Pekerja proyek bernama Yovicko Sondakh meninggal dan seorang aparat luka berat.
4. Penyerangan terhadap pekerja PT Istaka Karya
Pada 1-2 Desember 2018, sebanyak 25 pekerja PT Istaka Karya, kontraktor jalan Trans Papua, dibawa ke Bukit Puncak Kabo. Dengan tangan terikat, mereka ditembak. Sembilan belas orang disebut tewas. Menurut Kapendam XVII Cendrawasih, Muhammad Aidi, aparat akan menangkap hidup atau mati kelompok tersebut.
Namun demikian, jika mereka bersedia menyerahkan diri beserta senjatanya, TNI bakal menjamin keamanan mereka dan diampuni dari proses hukum. "Jadi imbauan menyerahkan diri sudah sejak awal kami lakukan. Tidak ada yang perlu dinegosasikan. Menyerah atau berhadapan dengan moncong senjata," ujarnya.