Kepala otorita ibu kota tidak melalui Pemilihan Umum seperti kepala pemerintahan daerah lainnya. Karena setingkat menteri, Kepala Otorita IKN dipilih langsung oleh Presiden dan atas persetujuan DPR.
"Ditunjuk, diangkat, dan diberhentikan oleh Presiden setelah berkonsultasi dengan DPR," lanjut bunyi Pasal 5 ayat 4.