Menariknya, silsilah keluarga Ganjar Pranowo dilaporkan memiliki keturunan dari Sunan Kalijaga, salah satu tokoh Wali Songo yang sangat dihormati di Jawa. Buyut Ganjar Pranowo dari garis keturunan ayah, Danu Wiyono, disebut-memiliki garis keturunan Sunan Kalijaga.
Sunan Kalijaga, atau Susuhunan Kalijaga, dikenal berhasil memadukan ajaran Islam dengan tradisi dan budaya Jawa. Ia berperan penting dalam penyebaran Islam di Jawa dan dimakamkan di Kadilangu, Demak.
Sunan Kalijaga memiliki masa hidup panjang, diperkirakan lebih dari 100 tahun. Selama hidupnya, ia menyaksikan berbagai peristiwa penting, mulai akhir kekuasaan Majapahit (1478), berdirinya Kesultanan Demak, Cirebon, Banten, hingga lahirnya Kerajaan Pajang pada 1546.
Bahkan, ia juga mengalami awal kehadiran Kerajaan Mataram di bawah kepimpinan Panembahan Senopati. Sunan Kalijaga wafat pada 10 Muharram tahun 1513 dalam kalender Jawa atau sekitar 17 Oktober 1592 Masehi. Tradisi mengenang haul Sunan Kalijaga masih dijalankan setiap 10 Muharram oleh masyarakat di Kadilangu.
Sisi lain dari silsilah keluarga Ganjar Pranowo adalah istrinya, Siti Atikoh Supriyanti, yang memiliki latar belakang keluarga sama pentingnya. Siti Atikoh adalah cucu dari Kiai Nadhlatul Ulama (NU) kenamaan, Mbah Hisyam. Dia merupakan tokoh penting dalam komunitas Islam di Indonesia.