Diketahui, Setyo dimutasi berdasarkan Surat Telegram Kapolri No: ST/2568/XII/KEP/2021 tertanggal 17 Desember 2021 yang ditandatangani oleh AS SDM Irjen Wahyu Widada atas nama Kapolri.
Setyo dimutasi sebagai Kapolda Nusa Tenggara Timur (NTT). Dia menjabat Direktur Penyidikan (Dirdik) KPK sejak 18 September 2020. Sebelumnya, Setyo Budiyanto sempat menjabat Koordinator Supervisi Penindak (Korsupdak) di Deputi Penindakan KPK.
Saat menjadi Dirdik KPK, Setyo memimpin langsung penangkapan mantan Wakil Ketua DPR Azis Syamsuddin terkait kasus dugaan suap pengurusan perkara yang sedang ditangani KPK di Kabupaten Lampung Tengah.