Selama berkarier, Prof Gudono pernah menjabat beberapa posisi, seperti Wakil Rektor Bidang Administrasi dan Pengembangan SDM UGM periode 2002-2004 hingga Pejabat Struktural Eselon III A di BPK RI 2006-2010.
Pendidikan Prof Gudono diawali dengan menyelesaikan pendidikan sarjana di UGM. Kemudian, ia melanjutkan S2 di Murray State University di Amerika dan menyelesaikan Pendidikan Doktoral di Temple University, Amerika.
Pria yang lahir di Semarang 26 Mei 1963 juga pernah mendapatkan beberapa penghargaan, di antaranya Satyalancana Karya Satya XX tahun dari Presiden RI 2013, dan Piagam Penghargaan Kesetiaan 25 Tahun dari Rektor UGM pada tahun 2013.
Prof Gudono mengembuskan napas terakhir pada 23 Juli 2016 di Jakarta dalam usia 54 tahun karena serangan jantung dan dimakamkan di Sleman. Ia meninggalkan seorang istri dan empat anak, salah satunya adalah Erina Gudono