Seperti pesantren lainnya, Ustadz Yusuf menerapkan sistem hafalan Alquran kepada siswanya. Mereka ditargetkan untuk menghafal 15 Juz di tingkat SMP dan SMA.
"Kita pun merencanakan apa yang dibutuhkan oleh anak sekarang. Kesulitan orang tua yang anaknya hanya main gadget dan televisi saja itu menjadi problem sekarang. Di sini kita giring anak-anak menjadi yang mandiri dan terarah," katanya.
Dalam sekolah ini, Ustadz Yusuf terus memberikan ajaran serta contoh yang baik kepada siswa pesantren, seperti contoh kemandirian dan keterampilan memelihara barangnya. Anak akan diatur waktu tidur, belajar hingga bermain.
"Kapan waktu tidur, kapan waktu belajar, kapan waktu main, mereka sudah kami buatkan jadwalnya, jadi mereka tahu jadwal mereka. Itu salah satu contoh kemandirian yang ada di pesantren," tutur dia.
Dari situ, kata Ustadz Yusuf, anak-anak akan belajar hal-hal mandiri, seperti melipat baju hingga mencuci baju.
"Anak-anak itu di rumah ada bapak, ibu, dan pembantunya. Mereka nggak pernah mikir untuk hal simpel ya, menyusun baju di lemari. Mereka di sini punya lemari sendiri. Kita ajarkan siswa harus merapikan baju sendiri, tau kapan jadwal nyuci baju. Itu contoh keterampilan yang sederhana," ucap dia.
Selain kemandirian dan keterampilan, Ustadz Yusuf juga mengajarkan siswa sebaik mungkin cara menggunakan uang dengan baik ketika jajan di sekolah.
Uniknya, sistem pembayaran di pesantren ini tidak menggunakan uang cash sama sekali. Mereka diajarkan memakai kartu (cashless) untuk jajan sehari-hari. Disitulah Ustadz Yusuf mengajarkan cara mengatur uang kepada siswa, sehingga hidupnya tidak boros.
"Uang jajan biasanya kita terima dari orang tua berupa transfer. Nah di situlah kami bagi dan mengatur uang jajan mereka. Kita nggak bisa berikan semua, agar tidak terjadi pemborosan dan ketidaksamaan dengan siswa lain," ujar dia.