Namun, surat tersebut tidak digubris oleh pimpinan KPK. Pimpinan KPK menolak keputusan Kapolri yang tetap menugaskan kembali Endar di lembaga antirasuah. Bahkan, KPK telah menunjuk Jaksa pada Kejaksaan Agung (Kejagung) Ronald Worotikan untuk mengisi jabatan Direktur Penyelidikan sebagai pelaksana tugas (plt).
Brigjen Endar kemudian melakukan upaya perlawanan atas pencopotan jabatan hingga pemulangan dirinya ke Polri tersebut. Upaya Endar tersebut di antaranya melapor ke Dewan Pengawas (Dewas) soal unsur dugaan pelanggaran etik. Kemudian, melaporkan ke pihak kepolisian. Terakhir, banding ke Presiden Joko Widodo (Jokowi).
Upaya Endar berbuah manis. Banding pemberhentian dengan hormat Endar diterima Presiden Jokowi. Menpan RB merekomendasikan Endar untuk kembali di KPK.
Alhasil, sekjen dan pimpinan KPK menerbitkan Surat Keputusan (SK) baru kembali menugaskan Endar sebagai direktur penyelidikan.