Pada tahun 1949 Soekarno-Hatta beserta seluruh jajaran staf kabinet RI harus kembali ke Jakarta setelah agresi Belanda berhenti. Sri Sultan Hamengku Buwono IX pun menyampaikan pesan perpisahan dengan sangat berat hati.
“Yogyakarta sudah tidak memiliki apa-apa lagi, silakan lanjutkan pemerintahan ini di Jakarta,” ucapnya.
Demikianlah Sri Sultan HB IX menjalankan sabda pandita ratu-nya, sesuai telegram yang beliau kirim dua hari setelah proklamasi. Saat itu beliau menyatakan sanggup berdiri di belakang pimpinan Paduka Yang Mulia.