Pilkada 2020 diadakan di tengah pandemi Covid-19, sehingga menimbulkan kekhawatiran bagi sebagian masyarakat. Kendati demikian, pemerintah, DPR dan KPU telah sepakat menggelar pelaksanaan Pilkada 2020 sesuai waktu yang telah ditentukan.
KPU sebagai pihak penyelenggara juga telah menerbitkan Peraturan KPU Nomor 13 Tahun 2020, tentang Pelaksanaan Pemilihan Gubernur Dan Wakil Gubernur, Bupati Dan Wakil Bupati, Dan/Atau Wali Kota Dan Wakil Wali Kota Serentak Lanjutan Dalam Kondisi Bencana Nonalam Corona Virus Disease 2019 (Covid-19).