Versi Perusahaan Jawatan Kereta Api (PJKA), kronologi kejadian bermula atas kesalahan kepala Stasiun Serpong memberangkatkan KA 225 (Rangkasbitung-Jakarta Kota) ke Stasiun Sudimara tanpa mengecek kepadatan jalur KA di Stasiun Sudimara.
Sesuai grafik perjalanan kereta api (gapeka) yang berlaku saat itu, KA 225 dijadwalkan tiba di Stasiun Sudimara pukul 06.40 WIB untuk bersilang dengan KA 220 pada pukul 06.49 WIB, namun KA 225 terlambat 5 menit. Saat itu emplasemen Stasiun Sudimara yang memiliki 3 jalur, padat dan tidak dapat menerima persilangan KA karena jalur 1 dalam kondisi tidak mendukung dan hanya dipakai untuk langsiran unit tunggal.
KA 225 terpaksa meninggalkan Stasiun Sudimara untuk berhenti lagi di stasiun berikutnya, Kebayoran. Sesuai aturan petugas Pengatur Perjalanan Kereta Api (PPKA) Sudimara wajib meminta izin kepada PPKA Kebayoran melalui telepon dan mengirimkan Surat Pemindahan Tempat Persilangan (PTP) yang harus diserahkan langsung ke masinis dan kondektur KA 225.
Pagi itu, terjadi pergantian PPKA dari sif malam ke sif pagi, namun Surat PTP diserahkan tanpa memberikan izin terlebih dahulu kepada PPKA Kebayoran sebelum sif terjadi. PTP diserahkan melalui petugas pelayanan kereta api (PLKA) baru kemudian dibacakan masinis dan kondektur KA 225.
Saat serah terima sif tersebut, PPKA sif malam memberi tahu PPKA sif pagi (Umrihadi), KA 251, 225 dan 1035 belum tiba di Stasiun Kebayoran. KA 251 sedang melaju ke arah Kebayoran untuk bersilang dengan KA 220.