Selain upacara pagi, pada sore harinya Wapres dan Ibu Wury Ma’ruf Amin juga dijadwalkan hadir mengikuti Upacara Penurunan Sang Saka Merah Putih di Halaman Istana Merdeka.
Upacara kali ini terasa lebih istimewa dengan mengangkat tema 'Nusantara Baru, Indonesia Maju'. Upacara pengibaran dan penurunan bendera diselenggarakan secara serentak di dua kota, yaitu Jakarta dan Ibu Kota Nusantara, Penajam Paser Utara, Kalimantan Timur dengan waktu pelaksanaan mengikuti Waktu Indonesia Barat (WIB).
Presiden Jokowi beserta Ibu Negara dan Presiden terpilih Prabowo Subianto hadir secara langsung di Nusantara. Sementara, Wakil Presiden (Wapres) Ma’ruf Amin didampingi Ibu Wury Ma’ruf Amin beserta Wapres terpilih Gibran Rakabuming Raka dan Ibu Selvi Ananda mengikuti upacara dari Halaman Istana Merdeka, Jakarta.
Adapun makna dari pelaksanaan upacara di dua kota ini adalah menunjukkan transisi perpindahan Ibu Kota dari Jakarta ke Nusantara dan juga transisi keberlanjutan pemerintahan ke pemerintah yang baru.