Setelah proklamasi kemerdekaan, Zulkifli Lubis dipercayakan sebagai pimpinan pusat Badan Keamanan Rakyat yang diketuai oleh Kaprawi dan dibantu oleh Sutalaksana (Ketua I), Latief Hendraningrat (Ketua II), Arifin Abdurrachman dan Machmud. Disinilah ia mulai mempersiapkan pembentukan badan intelijen yang diberi nama Badan Istimewa.
Zulkifli Lubis, Sunarjo, Juwahir dan GPH Djatikusumo membidani lahirnya badan itu. Sekitar 40 orang bekas Giyugun dari seluruh Jawa bergabung dalam badan itu.