1. Mobil Masuk Jurang 2005
Kecelakaan tunggal terjadi persis tiga bulan setelah tol tersebut beroperasi. Sebuah mobil oleng dan masuk jurang di KM 96 Tol Cipularang yang menyebabkan tiga orang tewas dan 13 orang lainnya luka-luka
2. Mobil Pejabat 2006
Mobil Mitsubishi L-200 yang ditunggangi Inspektur Jenderal (Irjen) Departemen Kominfo, Mayor JenderanTNI M Idris Gassing beserta istri menabrak pembatas jalan di KM 101. Idris diketahui tewas sedangkan istrinya mengalami luka-luka. Kejadian ini terjadi pada Desember 2006.
3. Kecelakaan Saipul Jamil 2011
Virginia Anggraeni, istri penyanyi dangdut Saipul Jami meninggal setelah mobil yang ditumpanginya bersama keluarga mengalami kecelakaan tunggal di Tol Cipularang, Sabtu (3/9/2011).
4. Bus vs Tronton 2012
Kecelakaan mengerikan kembali terjadi pada 2012 saat bus Pariwisata Otobus Tristart menabrak sebuah tronton. Kejadian itu menewaskan tujuh orang dan puluhan lainnya luka-luka.
5. Kecelakaan beruntun 6 kendaraan
Sebuah bus pariwisata Symphonie menabrak kendaraan di depannya di KM 87 hingga membuat tiga orang meninggal dunia.