Yamaha Mio M3 125 memiliki fitur multifunction key, di mana satu kunci memiliki tiga fungsi yang dapat digunakan untuk menyalakan motor, mengunci dan membuka bagasi.
Yamaha Mio M3 125 juga memiliki kapasitas tangki cukup besar sehingga mendukung daya jelajah jauh, lebih informatif dengan Smart Stand Side Switch sebagai pengingat pengendara untuk menaikkan standar sebelum berkendara.
Smart lock system juga ditanamkan untuk memudahkan pengendara mengunci rem saat berhenti di tanjakan atau turunan. Terkait harga, Yamaha Mio M3 125 dibanderol Rp17.135.000 on the road (OTR) Jakarta.