Pada awal pengoperasiannya, terowongan ini digunakan sebagai sarana penumpang serta pengangkutan komoditas ekspor, seperti kopi, gula, beras serta pengangkutan hasil pertanian sehari-hari masyarakat di wilayah Banyuwangi dan sekitarnya.
Saat ini, terowongan yang berada di bawah Daerah Operasi IX (Daop 9) Jember, dilewati oleh kereta api jarak jauh seperti Mutiara Timur Siang, Mutiara Timur Malam, Sri Tanjung, Tawang Alun, dan kereta api lokal Pandanwangi, Probowangi, serta Lori Wisata Kalibaru-Mrawan yang diresmikan pada Maret 2016.
Usianya yang sudah tua, membuat Terowongan Mrawan memang terasa mengerikan ketika melewatinya. Terutama bagi Masinis yang biasanya hanya sendirian berada di gerbong terdepan rangkaian kereta api.
Itu dapat dilihat dari video yang diunggah Ambang HL ke YouTube. Di sana terlihat terdapat empat orang yang berada di kereta Rail Clinic. Mereka berangkat dari Stasiun Kalibaru menuju Jember untuk memeriksa rel kereta api.
Jalur tersebut membuat mereka harus melewati Terowongan Mrawan yang dikenal angker tersebut. Kontur yang menanjak dan Rail Clinic yang bukan didesain untuk kecepatan tinggi, membuat kereta tersebut berjalan sangat lambat, sekitar 30 km/jam.
Terlihat dalam video, ketika memasuki Terowongan Mrawan kondisinya sangat gelap, padahal video diambil saat siang hari. Hanya terdapat pengerangan di sisi kiri lajunya kereta yang membuat masinis harus ekstra waspada.