Pindah penugasan ke kota kelahirannya di Kendari pada 2006, Yan Sultra menjabat sebagai Wadireskrimum Polda Sultra, Direskrimsus Polda Sultra dan berlanjut sebagai Diresnarkoba Polda Sultra. Dia juga pernah menjadi Kapolres Persiapan Bombana.
Ditarik ke Polri pada 2017, Yan Sultra menjabat Kabid Diklat Reserse Lemdiklat Polri. Selanjutnya Wadir Tipikor Bareskrim Polri.
Sejak 2 September 2019 dia kembali lagi ke Kendari untuk mengisi posisi Wakapolda Sultra, dan naik menjadi Kapolda Sultra mulai 3 Agustus 2020.
Terhitung mulai 31 Oktober 2021, Yan Sultra menjabat sebagai Kapolda Babel menggantikan Irjen Anang Syarif Hidayat.