Permohonan tersebut dapat disetujui dan Ja’far Shoddiq pulang ke Jawa. Setelah pulang, Ja’far Shoddiq mendirikan Masjid di daerah Kudus pada tahun 1956 H atau 1548 M.
Semula diberi nama Al Manar atau Masjid Al Aqsho, meniru nama Masjid di Yerussalem yang bernama Masjidil Aqsho. Kota Yerussalem juga disebut Baitul Maqdis atau Al-Quds.
Dari kata Al-Quds tersebut kemudian lahir kata Kudus, yang kemudian digunakan untuk nama kota Kudus sekarang. Sebelumnya mungkin bernama Loram, dan nama ini masih dipakai sebagai nama Desa Loram sampai sekarang.
Masjid buatan Sunan Kudus tersebut dikenal dengan nama masjid Menara di Kauman Kulon. Sejak Sunan Kudus bertempat tinggal di daerah itu, jumlah kaum muslimin makin bertambah sehingga daerah disekitar Masjid diberi nama Kauman, yang berarti tempat tinggal kaum muslimin.
Cerita Rakyat
Ada cerita rakyat di Kudus tentang apa sebab masyarakat Kudus sampai sekarang tidak menyembelih sapi?. Sebelum kedatangan Islam, daerah Kudus dan sekitarnya merupakan Pusat Agama Hindu.