Salah satu buktinya ditemukan beberapa situs arkeologi yang berasal dari Dinasti Syailendra. Salah satunya adalah lingga dan yoni di Desa Linggo Asri.
Selain itu, Pekalongan juga memiliki ikatan sejarah dengan Kerajaan Demak dengan bukti beberapa peninggalan sunan yang diyakini dekat dengan kerajaan Demak termasuk Sunan Kalijaga.
Kisah Joko Bau Dihukum Raja Mataram
Dilansir dari buku Asal Mula Kota di Indonesia Tempo Doeloe karya Zaenuddin HM, nama Pekalongan diambil dari kisah Joko Bau, putra Kiai Cempaluk, yang dikenal sebagai pahlawan di wilayah Pekalongan.
Joko Bau mengabdi pada Sultan Agung, Raja Mataram. Dia kemudian diperintahkan untuk membawa Putri Ratansari dari Kalisalak Batang ke istana. Namun Joko Bau jatuh cinta pada sang putri.
Ketika raja mengetahuinya, Joko Bau dihukum dan diminta untuk melindungi wilayah pantai yang telah diserang oleh bajak laut. Konon tempat bersemedi Joko Bau disebut Pekalongan.