Baru setelah merdeka, Sanjoto masuk dalam barisan Badan Keamanan Rakyat (BKR) cikal bakal TNI. Dia mendapat pangkat Letnan Muda, meski tak pernah menyandang pangkatnya di pundak maupun lengan bajunya.
Bertugas sebagai pasukan pengawal, Sanjoto pernah mendapatkan perintah mengawal dan menyeberangkan Panglima Besar Jenderal Soedirman saat bergerilya di wilayah Wonogiri hingga masuk Jawa Timur.
Gerilya dengan keluar-masuk hutan dilakukan bertahun-tahun saat pendudukan Belanda. Dia memimpin pasukan hingga pernah melakukan peledakan bom yang di jalan yang dilintasi konvoi panser Belanda.
Sanjoto kemudian masuk dalam barisan Corps Polisi Militer dengan pangkat Sersan Satu. “Berulang kali saya juga melakukan pengawalan sampai pada Jenderal Ahmad Yani. Saat membentuk Batalyon Banteng Raiders di Bulakamba Tegal pun saya juga ikut terlibat pengawalan. Sampai kedatangan Bung Karno saya juga yang mengawalnya,” ceritanya.
Sementara itu, terkait kondisi rumah saat itu, ungkap Sanjoto, memang rusak parah. Di dinding terdapat peta yang ditujukan bagi pengikut petinggi PKI DN Aidit untuk kabur.