Dikutip dari kitab Fasholatan karangan KH R Asnawi Kudus, jumlah rakaat salat tahajud tidak dibatasi, tetapi paling sedikit dua raka at. Yang paling utama adalah 11 rakaat atau 13 dengan dua rakaat salat iftitah.
Cara mengerjakannya yang baik adalah setiap dua rakaat diakhiri satu salam. Sebagaimana diterangkan oleh Rosulullah SAW :“ Shalat malam itu, dua-dua.” (HR Ahmad, Bukhari dan Muslim)
Setelah membaca surat Al Fatikhah, dianjurkan membaca Surat Al Baqarah ayat 284-285. Sedangkan pada rakaat kedua setelah membaca surat Al-Fatihah ialah surat Ali Imron 18-19 dan 26-27.
Doa salat tahajud yang diriwayatkan Ibnu Abbas adalah sebagai berikut:
اَللّٰهُمَّ لَكَ الْحَمْدُ اَنْتَ قَيِّمُ السَّمَوَاتِ وَاْلاَرْضِ وَمَنْ فِيْهِنَّ، وَلَكَ الْحَمْدُ اَنْتَ مَالِكُ السَّمَوَاتِ وَاْلاَرْضِ وَمَنْ فِيْهِنَّ، وَلَكَ الْحَمْدُ اَنْتَ نُوْرُ السَّمَوَاتِ وَاْلاَرْضِ وَمَنْ فِيْهِنَّ، وَلَكَ الْحَمْدُ اَنْتَ الْحَقُّ وَوَعْدُكَ الْحَقُّ وَلِقَاءُكَ حَقٌّ وَقَوْلُكَ حَقٌّ وَالْجَنَّةُ حَقٌّ وَالنَّارُ حَقٌّ وَالنَّبِيُّوْنَ حَقٌّ مُحَمَّدٌ صَلَّى اللهُ عَلَيْهِ وَسَلَّمَ حَقٌّ وَالسَّاعَةُ حَقٌّ
اَللّٰهُمَّ لَكَ اَسْلَمْتُ وَبِكَ اَمَنْتُ وَعَلَيْكَ تَوَكَّلْتُ وَاِلَيْكَ اَنَبْتُ وَبِكَ خَاصَمْتُ وَاِلَيْكَ حَاكَمْتُ فَاغْفِرْلِيْ مَاقَدَّمْتُ وَمَا اَخَّرْتُ وَمَا اَسْرَرْتُ وَمَا اَعْلَنْتُ وَمَا اَنْتَ اَعْلَمُ بِهِ مِنِّيْ، اَنْتَ الْمُقَدِّمُ وَاَنْتَ الْمُؤَخِّرُ لاَاِلَهَ اِلاَّ اَنْتَ، وَلاَ حَوْلَ وَلاَ قُوَّةَ اِلاَّ بِاللهِ