Dalam konteks relasi agama dan negara, kata Gus Yaqut, Habib Luthfi juga sering menegaskan bahwa antara mencintai Indonesia dan menjalankan ajaran Islam bisa dilakukan dalam satu tarikan napas, tidak dapat dipisahkan apalagi dipertentangkan.
“Integrasi antara ajaran Islam dan negara sudah diimplementasikan dengan terbentuknya Kementerian Agama yang mengatur dan menjamin berlakunya syariat Islam dalam urusan muamalah umat Islam dalam kehidupan bermasyarakat,” katanya.
Bagi Gerakan Pemuda Ansor, Habib Luthfi bin Yahya adalah ulama, habib dan guru-mursyid. Beliau juga adalah pembela Banser (Barisan Ansor Serbaguna) yang kerap kali pasang badan saat Banser dicaci-maki, difitnah dan disudutkan oleh kelompok radikal dan intoleran karena komitmennya membela hak-hak warga negara dan memperjuangkan keutuhan bangsa.
“Habib Luthfi adalah pengayom dan orangtua bagi jutaan kader GP Ansor dan Banser di seluruh dunia. Oleh karenanya, segenap keluarga besar GP Ansor dan Banser merasa bangga, bersyukur dan berterima kasih kepada Universitas Negeri Semarang atas penganugerahan gelar Doktor Honoris Causa kepada Habib Luthfi bin Yahya,” ujarnya.