Konon katanya area ini digunakan sebagai penyekapan tahanan, dan mereka dibiarkan berdesak-desakan di area sempit hingga tewas.
Selain ada bayangan bermata hijau menyala, ketika mendekati penjara bawah tanah akan tercium bau aneh, seperti anyir darah. Bau tersebut erat kaitannya dengan tahanan tewas di dalam penjara karena kehabisan oksigen akibat berdesakan di dalam penjara. Hantu mereka yang tewas bergentayangan di sekitar rubanah dan bau darahnya menyerebak.
Selain itu, terdapat kisah seram dari penjara jongkok juga tidak kalah menyeramkan dengan penjara lainnya yang ada di Lawang Sewu. Para tahanan tersebut dipaksa masuk dengan posisi jalan jongkok dan berdesakkan lalu direndam oleh air hingga penuh dan semua tahanan mati mengenaskan di dalam kotak tersebut.
Arwah para tahanan yang tidak tenang diyakini menghantui isi penjara dan akan merasuki pengunjung yang pikirannya kosong.
Banyak kesaksian dari beberapa orang yang melintasi area ini memiliki pengalaman penampakan hantu sosok besar hitam menyerupai genderuwo.