Amir beserta 10 orang lainnya pun dikuburkan di Dusun Ngaliyan, kelurahaan Lalung, Kecamatan Karanganyar Kabupaten Karanganyar, Jawa Tengah. Seiring perjalanan waktu, makam Amir Sjarifudin tidak banyak mengalami perubahaan.
Makam itu sendiri telah mengalami perbaikan sebanyak tiga kali. Namun, makam tersebut diperbaiki bukan oleh pemerintah, melainkan dilakukan oleh keturunan Amir Sjarifudin dan 10 rekannya.
Menurut Honggo Maulana, kala itu, ada aturan yang melarang makam Amir Sajrifudin dikunjungi. Sehingga dalam melakukan perombakan makam, dilakukan secara sembunyi-sembunyi.