Bernasib sama dengan Masyumi, Presiden Soekarno atau Bung Karno juga membubarkan PSI karena dianggap terlibat gerakan pemberontakan PRRI/Permesta di Sumatera.
Pembubaran PSI berlangsung 17 Agustus 1960, Bung Karno menerbitkan Keppres nomor 201 tahun 1960. Bung Karno sempat memanggil Sutan Sjahrir selaku Ketua PSI guna menjelaskan posisi PSI dalam peristiwa PRRI/Permesta.
Namun keterangan mantan perdana menteri pertama RI itu tidak mengubah pendirian Soekarno untuk membubarkan PSI. Sebab secara politik, koalisi PSI dan Masyumi diketahui selalu mengambil posisi oposisi terhadap Pemerintahan Soekarno.
Tidak berlangsung lama dari pembubaran PSI, pada 16 Januari 1962, Sjahrir ditangkap dan dijadikan tahanan politik. Sutan Sjahrir yang sempat diijinkan berobat ke luar negeri karena sakit, wafat dengan status masih sebagai tahanan politik rezim Soekarno.
Itulah partai politik di Indonesia yang dibubarkan karena terlibat makar.