Sejarawan Prancis George Coedes menyebut asal wangsa ini dari Fu-nan atau Kamboja. Dalam sumber Tiongkok, raja Fu-nan disebut parwatabhūpala, raja gunung. Setelah Fu-nan runtuh sekitar tahun 620 M, anggota wangsa ini diyakini melarikan diri ke Jawa.
Pendapat lain menyebut Wangsa Sailendra berasal dari India Selatan dan sempat berkuasa di Palembang. Namun pada tahun 683 M, mereka melarikan diri ke Jawa karena diserang Sriwijaya dari Semenanjung Malaya.
Teori ini menguatkan dugaan adanya migrasi elite politik dari luar ke Jawa dan membentuk kekuasaan baru di sana.
Filolog Belanda Johannes Gijsbertus de Casparis menyebut istilah Waranarādhirājarāja dalam Prasasti Kelurak dan Candi Plaosan Lor sebagai petunjuk. Dia mengaitkan Waranara dengan Na-fu-na, pusat Fu-nan setelah perpindahan dari T’e-mu.
De Casparis percaya, raja dari Na-fu-na datang ke Jawa dan menaklukkan keturunan Sañjaya, penguasa lokal yang menganut Siwa. Sejak itu, muncul dua wangsa di Jawa: Wangsa Sañjaya (Siwa) dan Wangsa Sailendra (Buddha Mahayana).