Kronologi kecelakaan berawal ketika KA relasi Malang-Jakarta melaju dari timur atau arah Malang ke barat menuju Jakarta. Tiba di lokasi kejadian, mobil Isuzu Panther nopol L 8535 BJ yang dikemudikan Adi Tri Prasetyono, melaju dari utara ke selatan.
Diduga sopir mobil tidak memerhatikan laju kereta api hingga langsung ditabrak dari samping. Kerasnya benturan itu membuat mobil terseret beberapa meter. Bahkan, kereta mengalami kerusakan sehingga harus diganti yang baru.
Manajer Humas Daop 8 Surabaya Luqman Arief menjelaskan, lokomotif KA barang harus diganti, karena mengalami kerusakan. Hal ini berimbas pada terganggunya perjalanan KA Barang hingga 97 menit.
"KA Malabar relasi Malang-Bandung juga mengalami keterlambatan 8 menit dari jadwal," ujar Luqman.