Sultan Agung saat itu juga mencoba mendekati beberapa pedagang Inggris di Pantai Jawa, tapi sayangnya mereka tak sanggup lagi menantang kekuatan Belanda. Jadi mengandalkan sumber daya sendiri, dia berusaha menaklukkan wilayah timur Pulau Jawa dan Bali pada 1639.
Blambangan dalam waktu singkat berhasil ditaklukkan. Tentara Mataram kemudian berusaha menyeberangi selat sempit antara Jawa dan Bali, tapi Bali memberikan perlawanan yang gigih. Misi Mataram memperluas kekuasaannya ke Bali pun kandas.
Setelah pasukan Mataram berhasil diusir, Bali kembali mengambil semua wilayah kekuasaan mereka yang telah direbut, termasuk di wilayah Blambangan. Tapi banyak penduduknya telah pergi dibawa oleh tentara Kerajaan Mataram dan daerah itu terabaikan untuk waktu yang lama.
Dikisahkan Vlekke, inilah perang Sultan Agung terakhir, dia masih memerintah dengan tangan besi, tapi mimpi memulihkan imperium Majapahit telah berakhir. Kekuasaan Belanda mulai meningkat pada 1641, mereka menaklukkan benteng utama Portugis di Malaka.
Sejak itu laut - laut di Indonesia dikontrol oleh VOC di bawah bendera Belanda-nya, yang karena keunggulan lautnya menjadi penguasa atas Kepulauan Indonesia.