Tugas ketiga yang diterima Bung Tomo adalah mendapatkan tugas yang berhubungan dengan kemiliteran. Ia ditunjuk sebagai anggota Staf Gabungan Angkatan Perang Republik Indonesia, Ketua Panitia Angkatan Darat yang membawahi bidang kereta api, bus antarkota, dan sebagainya.
Dengan posisi ini Bung Tomo mendapat tugas untuk mengoordinasikan semua alat angkutan darat di semua wilayah Republik Indonesia. Dengan menerima tugas ini, kiprah Bung Tomo sebenarnya mulai meluas, yaitu mulai masuk ke dunia militer.
Semula ia hanya aktivis dan pejuang dari kalangan sipil, namun dengan diberikannya berbagai tugas yang bersinggungan dengan dunia militer, ia mulai memasuki dunia militer. Seiring dengan itu pula, namanya semakin populer di kalangan militer.
Bung Tomo pun memiliki kedekatan dengan beberapa tentara, baik di Angkatan Darat, Angkatan Laut, maupun Angkatan Udara. Bahkan semua jenderal di tubuh TNI mengenalnya dengan sangat baik dan terlibat dalam berbagai macam kerja sama.